Будучи коллективно разработанной операционной системой, Linux поддерживает доступ ко многим файловым системам. В их число входят как широко известные (семейство файловых систем FAT, NTFS), так и применяющиеся редко (например, файловая система BeFS, которая используется в операционной системе BeOS).

Сама ОС Linux должна быть установлена только на разделы, которые отформатированы под специальные файловые системы, обладающие некоторыми важными для Linux отличительными свойствами. Как правило, при установке Linux выбирают файловые системы ext2, ext3, ext4 либо файловую систему ReiserFS.