Я бы попробовал разбить флешку на два раздела.
Пусть это будет 1gb fat32 для слакса и остальное ntfs для переноса файлов. Раздел со слаксом ставим первым, делаем его загрузочным, добавляем в систему нужные модули - получаем рабочую систему, которую просто подгружаем в память при загрузке с флешки, ну или не подгружаем, а работаем как есть.
Второй раздел, если не ошибаюсь, в винде будет виден без проблем, к слаксу, при желании, его можно будет монтировать и закачивать\скачивать файлы без особых проблем. Минус в том, что монтировать каждый раз придётся заново что бы проблем с русскими символами в именах файлов не было.
В остальном, минусов не вижу.
